L'histoire du Gaiden Duke se passe lors de la création des Genesis Driver. Un employé de Yggdrasil va semer la panique dans l'entreprise en utilisant une nouvelle Lock Seed au nom du culte du "Tilleul Noir". On sait également que Takatora va sauver la vie de Ryoma.
On va savoir comment Ryoma à rencontrer Sid et Minato. Sid était un petit dealer qui s'est fait attaqué par un Invess. Minato était une espionne industrielle qui a été impressionné par la capacité de Ryoma à deviner ses ambitions.
Du côté du Gaiden Knuckle, Zack est parti à New-York pour continuer sa carrière de danseur. Mais en apprenant qu'une team "Neo-Baron" a été crée et organise des combat. À sa tête, Shura, qui est bien connu de la Team Baron. Ce dernier était danseur, mais a été viré de l'équipe lorsque Kaito est passé leader. Avec sa team Neo-Baron, il compte créer le monde dont Kaito rêvait, un monde où seul les fort survivent. Zack va devoir l'arrêter, mais il ne sera pas seul. Il sait que Kaito veille sur lui, quoi qu'il arrive.
Pas mal d'Armored Rider vont faire une apparition dans le film. Oren va faire profiter à Zack de son expérience au combat. Jonichi participera à un concours de dessert. C'est Mitsuzane qui va fournir un Driver et des Lock Seeds à Zack.
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